MCO（PA8）在DEBUG的时候不输出波形会是什么原因？

不要用软件仿真，软仿真的PORTA.8是IO，是PA8对应的输出寄存器位，而你要的MCO功能不是寄存器，无法仿真。
因此，如果要验证MCO，那么用实体板卡跑个程序就知道了。