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生物芯片扫描仪在进行高速高分辨率扫描时对实时性要求很高，用一般微控制器难以实现。在介绍生物芯片扫描仪工作原理的基础上，提出了一种基于FPGA控制的生物芯片数据采集系统的设计方法，使生物芯片扫描仪在5斗m分辨率下扫描速度达到20线／s。
生物芯片是二十世纪末随“人类基因组计划”的研究和发展而产生的一项高新技术芯片，广泛应用于分子生物学、疾病基因诊断、药物开发、司法鉴定等领域，有力地促进了当代生命科学的发展。生物芯片技术是指将大量探针分子固定于载体（如玻片、金属片、高分子材料制作的薄膜等）中，然后与标记的样品分子进行杂交，通过检测杂交信号的强度及分布而对样品分子的序列和数量进行分析的一项技术。生物芯片按标记种类可分为荧光染料标记、化学发光标记和放射性标记三种芯片，现在大部分生物芯片采用cy3、cy5两种荧光染料来标记［1】。生物芯片扫描仪就是对荧光染料标记的生物芯片析的仪器。目前在面积为22mmx75mm的标准生物芯片上，样品分子荧光点数已达6万以上，只能用51xm的分辨率扫描这样高密度的生物芯片。因此，高速高分辨率扫描对生物芯片扫描仪实时数据采集提出了更高的要求，用一般的微控制器难以实现。本文设计了一种基于FPGA控制的生物芯片数据采集系统，使生物芯片扫描仪在51xm分辨率下以20线／s的速度扫描时仍具有良好的扫描质量。
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