关于物联网操作系统控制相关疑问？

朋友们，本人初学物联网操作系统这块，有些问题，还想请教一下。
描述：
假如我早一块芯片上嵌入了操作系统，我现在在学习linux，嵌入系统之后想通过这块带有操作系统的芯片去控制外围设备，例如电机，那这么个流程是什么呢？在裸机开发时候很容易控制这个电机，将相应的输出口接好，程序烧录进去就行了，但是对于有操作系统的芯片又是什么个原理去控制这个电机呢？还望帮助。