串口第二次接收时还会接收第一次的字符应该清哪个寄存器呢

我看右边那张图的数据，应是就第一条有0x40，后边的就没有了吧。
从你的代码看，应该是uart3接收数据，并直接通过uart6发出去。有几个问题：
1.具体uart3的数据是从哪里来的呢，发送方有没有多发这个0x40?正常来说中断里直接读的uart3寄存器值，应该是收到数据且进入中断的，这里多了0x40，肯定是有发这个数据的。
2.你说的第一次接收用的rt框架，第二次接收用自己写的中断，就是这个uart3么，具体他俩怎么切换的呢，同时存在还是什么；

串口3数据是从机发送过来的。
没有多余的0x40，看左边调试助手，就发了最后一个0x40

用标志位区分，等于0的时候，是普通通信，接受数据并处理。
等于1的时候是透传，在中断里转发，不进行处理

你这样实现透传的做法不好，建议使用一个线程完成两个串口间桥接，这样不破坏驱动代码的可移植性，也便于保持应用配置的灵活性（比如：uart6换为uart5）。以下是我曾经使用过和桥接器代码，可供参考。
static rt_err_t pb_vcom_rx_ind(rt_device_t dev, rt_size_t size)
{
    pb_inst_t *hinst = (pb_inst_t *)(dev->user_data);
    rs485_break_recv(hinst->rs485);
    return(RT_EOK);
}
static void pb_thread_entry(void *args)
{
    pb_inst_t *hinst = (pb_inst_t *)args;
    int len = 0;
    hinst->stop_req = 0;
    hinst->running = 1;
    hinst->vcom->user_data = hinst;
    rt_device_set_rx_indicate(hinst->vcom, pb_vcom_rx_ind);
    rs485_set_recv_tmo(hinst->rs485, RT_WAITING_FOREVER);
    while(1)
    {
        if (hinst->stop_req)
        {
            break;
        }
        len = rt_device_read(hinst->vcom, -1, hinst->buf, hinst->bufsize);
        if (len > 0)
        {
            rs485_send(hinst->rs485, hinst->buf, len);
            continue;
        }
        len = rs485_recv(hinst->rs485, hinst->buf, hinst->bufsize);
        if (len > 0)
        {
            rt_device_write(hinst->vcom, -1, hinst->buf, len);
        }
    }
    hinst->running = 0;
}

你这是rs485收到数据，转发给vcom吗？有点没看懂

就是串口有数据时向线程发事件，线程根据事件读出串口数据，发到另一个串口